某一日，被稱爲“巨人”的體型格外巨大的怪物入侵了人類的世界，他們的破壞力是如此的巨大，以至於人來在極短的時間裏便失去了大片的土地。爲了保護最後的生存家園，人類建造起了高牆，猶如被圈養般的生活在極有限的空間中，生活在無止盡的恐懼之中，這樣一過就是一百年。艾倫（梶裕貴配音）、三笠（石川由衣飾）和阿尼（嶋村侑飾）是生活在高牆之後的孩子們，艾倫痛恨調查兵團日漸懶散的作風，認爲巨人有朝一日一定會向人類發起更猛烈的進攻。不幸的是，艾倫的預言實現了，超大型的巨人打破了牆壁，在人類最後的淨土中肆虐。災難過後，倖存的艾倫一行人加入了調查兵團，艾倫和三笠更是發誓要爲死去的母親報仇。
