曾幾何時,神祕生物奇居子入侵太陽系,致使人類流離失所,只能乘坐行星般大小的巨型飛船希德尼婭流浪在茫茫宇宙中。如是過了漫長的一千年,而今希德尼婭的居民們已有一百年未曾遭遇奇居子,不過他們從未放鬆警惕,培養了一代又一代操縱人形兵器“衛人”的駕駛員。某天,居住在地下的青年穀風長道(逢坂良太配音)迫於飢餓爬到地面,偷米後被人抓住,後在艦長(大原沙耶香配音)的授意下成爲衛人駕駛員第628期的訓練生,在這裏他見到了有過一面之緣的善良女孩星白閒(洲崎綾配音)、友好的第三性人科戶瀨伊扎那(豐崎愛生配音)以及高傲剛愎的岐神海苔夫(櫻井孝宏配音)等人。未幾,少年們外出執行採集任務,甚至卻遭逢百年不見的奇居子。沉寂已久的宇宙戰爭再度拉開帷幕…… 本片根據貳瓶勉的漫畫原作改編。