在科技高度發達的未來世界,繁華墮落的馬杜克市,醉生夢死,紙醉金迷。受萬千寵愛、養尊處優的美麗少女露恩•芭洛特(林原惠美配音),雖然從賭場經營者榭爾(中井和哉配音)那裏得到一切,但卻抑制不住想要探尋自己真實身份的渴望。她的念頭似乎觸怒了專橫的榭爾,因此惹來殺身之禍。危急之時,芭洛特得到犯罪搜查官烏夫庫克博士(八島智人配音)的救助,並在馬杜克緊急法令09的庇護和允許下,擁有了法令禁止的特殊能力。烏夫庫克希望藉助少女之手,揭露榭爾一系列的罪行。對她來說,這不啻爲一次兇險的旅程…… 本片根據衝方丁的科幻小說改編,爲“殼中少女”三部曲中的第一部(另兩部分別爲“燃燒”和“排氣”)。