德川幕府三代將軍家光當政時期,風調雨順,國泰民安。時世間流傳三件神器的傳說,分別是大帝之劍、鬥神獨鈷杵、以及猶大的十字架,它們用宇宙金屬鑄就,持有者將獲得征服世界的力量。武士萬源九郎(阿部寛飾)即爲大帝之劍的持有者,他按照父親臨終前的囑託四處尋找神器,要將它們送回“原來的歸屬之處”。路上他邂逅豐臣家的後代小舞(長谷川京子飾)及其護衛真田忍者佐助(宮藤官九郎飾)沿途艱險重重,還要時刻躲避幕府的追殺。另一方面,宇宙人蘭(長谷川京子飾)以及牡丹(黒木メイサ飾)也時刻覬覦着萬源九郎一行手中的神器。各懷鬼胎的敵人源源不斷,萬源九郎只得憑藉大帝之劍殺出一條血路…