東京峯會召開在即，爲了確保會議順利進行，日本警方出動約兩萬名警力對位於東京灣的超大設施“海洋邊緣”進行安保工作。可就在嚴密的防控下，此地已然發生了爆炸案。令柯南（高山南配音）等人始料未及的是，現場居然留下了對毛利小五郎（小山力也配音）極其不利的證據。在此之後，小五郎遭到逮捕。柯南則發現安室透曾出現在爆炸現場，並且負了傷。爲了還毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年偵探團的小夥伴們聯合起來勘察現場，蒐集證據。隨着調查的深入，柯南發現這起爆炸案隱藏着包括恐怖分子、公安在內多方的複雜關係，而真相更令所有人瞠目結舌……
